ニューヨークは全面包囲されています！フット一族とスーパー・デストロイヤーが街を乗っ取り、致命的な変異原を広めようとしている。ニンジャ・タートルズと一緒に5つの敵基地に潜入し、ボスやケーシー・ジョーンズなどの味方を倒し、アクセスカードを手に入れて変異原のボトルを取り戻しましょう。5つのフラスコを組み立てたら、中央基地に行き、壮大な戦闘でスーパー・デストロイヤーを倒し、マシンに乗せて計画を阻止し、勝利メダルを獲得して街を救いましょう。